拉贾安帕特（Raja Ampat）地质公园包括4个主要岛屿，其独特之处在于拥有印尼最古老的裸露岩石单元（距今4.438亿–3.589亿年前的志留纪—泥盆纪），岩石单元的年龄几乎是地球年龄的十分之一。最不寻常的地质特征当属在第四纪（258万-1.17万年前）因海平面上升而形成的热带群岛；由于喀斯特作用，这里水面上下均发育出许多溶洞。喀斯特地貌的主体是石灰岩，其质地柔软、多孔隙，可溶于水。随着雨水经年累月地渗入，这种岩石逐渐被侵蚀，继而形成这些溶洞。美丽的水下溶洞和非凡的海洋生物多样性，吸引着大量水肺潜水爱好者。在这里，他们可以观赏到几千年前生活在该地带的史前人类创作的岩石艺术。
占碑美兰音（Merangin Jambi）地质公园位于印度尼西亚苏门答腊岛中部，是独特的“占碑植物群”化石的发现地。这些化石是当今世界上唯一出露的该类植物化石，其名称系指在形成于早二叠纪（2.96亿年前）的岩层中发现的植物化石。所含植物包括苔藓、原始针叶树，以及依靠种子而非孢子进行繁殖的种子蕨类植物。公园地势东低西高，最高峰海拔2900米，位于3.3万前的大喷发形成的马苏莱火山群。该地带自史前时代就有人类居住，现还生活着多个土著群体，包括Orang Batin Lamo部落和Serampas部族。地质公园内有形成于中生代（2.52亿-6600万年前）的喀斯特地貌。喀斯特溶洞内留存有史前人类器物，已被纳入一个重要的考古研究项目。
该地质公园地处苏拉威西岛南臂，位于马罗斯（Maros）县和庞戈普（Pangkep）县境内。当地人口以布吉族和望加锡族土著人民为主。虽然该地质公园面积达5077平方公里，但其中一半以上（55.4%）隐于水下。公园与主岛隔海相望，园内共有39座岛屿。该群岛散落在珊瑚礁三角区，是一处珊瑚礁生态系统保护中心。地质公园以壮观的塔状喀斯特地貌和斯佩尔蒙德珊瑚礁群岛而闻名。其覆盖区域有着超过亿年的历史；那里留有古代生命形式的痕迹，现栖息着一些特有物种，例如，生活在华莱士线（将婆罗洲岛和苏拉威西岛分隔开来的一条深海沟，以阿尔弗雷德-拉塞尔-华莱士命名，他与同时代的查尔斯-达尔文提出了近似的进化理论）沿线的黑冠猕猴和苏拉威西袋猫。地质公园西侧的土地属于亚洲大陆构造板块，东侧则属于澳洲板块，这也是造成这些相邻岛屿上发现的物种如此多样的原因。
伊真（Ijen）地质公园位于东爪哇省外南梦（Banyuwangi）县和文多禾梭（Bondowoso）县境内。地质公园地处海峡和海洋之间，战略位置优越，因而成为人类迁徙和贸易的要冲。伊真火山是伊真破火山口系统中最活跃的火山之一。破火山口内部及其边缘发育有大约22座后破火山口火山锥。伊真湖是地球上酸性最强的火山口湖，也是同类湖中最大的一个。这里还会上演一种罕见的奇观：高浓度的硫磺从活跃火山口向上溢出，然后与富氧大气接触并发生燃烧；随着气体的燃烧，会喷发出一种独特的蓝色电焰，这种火焰仅在夜间可见。水体本身呈酸性，因为它通过渗透进火山地表之下来实现循环。
勿里洞地质公园是邦加岛勿里洞省的一部分，位于印度尼西亚首都雅加达以北约400公里处，北临卡里马塔海峡，东面和南面为爪哇海，西面为加斯帕尔海峡。该地质公园包括勿里洞岛和200多个小岛，海域总面积为1.3万平方公里，其中洋面约占三分之二。勿里洞以其壮观的突岩（Tor）花岗岩地貌闻名，这些地貌是由侵蚀和风化作用形成的大型独立岩石露头。它还拥有由陨石撞击形成的罕见的似曜岩，又称 “沙胆石”（Satam Stone）或 “勿里洞石”（Billitonite），以及独特的矿藏，如东南亚地区最富有的单一锡矿南萨鲁（Nam Salu）原生锡矿。该地质公园地处史上重要的海上贸易和迁徙路线之上，生活着28.8万人口，属于沙旺部落等多个文化。居民主要收入来源是农业、渔业和采矿业。
位于苏门答腊岛，这个大火山口是因74000年前超级火山爆发而形成的。火山口盆地里全是积水，是印度尼西亚最大的火山湖。它位于海平面以上904米处，由约240立方千米的淡水组成，深505米。地表海拔约2000米。该区域下面的岩层由变质沉积物组成，在石炭纪—二叠纪（300百万年）期间的南极地区生成，是冈瓦纳大陆的一部分，散布在火山口边缘陡峭的悬崖壁周围。在达到“超级火山”喷发后的平静过程中，岩浆房残余压力将托巴湖底推高，并在火山口中部形成了萨莫西尔岛。这是世界上最活跃，最容易复发的火山口。“火山口复苏”仍然是火山学中最难以理解的过程之一。
龙目岛位于巴厘岛和松巴哇之间，系Sunda Kecil群岛之一，近似圆形，拥有一条长达70公里的“尾巴”——半岛。该岛地质以第四纪钙碱性火山为主，其上覆盖着新近纪碎屑沉积岩、中新统火山岩和古近纪侵入火成岩。火山综合体是由于印度洋板块朝东南亚板块边缘下俯冲形成的。Lombok的Sasak人口是多民族和多文化的，其文化遗产的多样性反映在诸如寺庙和老清真寺等建筑物中。
西爪哇省的塞乐杜-皇后港世界地质公园以Ciletuh（塞乐杜）河和Palabuhanratu（皇后港）的名字命名，皇后港源于当地关于本地区守护者南洋女王的传说。地质公园中最古老的岩石是在欧亚板块和印度洋板块之间的俯冲过程形成的。目前，3个村落社区保留了祖辈的Kasepuhan传统，特别是在农业和水田耕作（称为tatanen）。
色乌山（Gunung Sewu）是一片广袤的多山石灰岩地区，横跨日惹和爪哇中东部，圆锥状的岩溶丘陵是这里的标志。180万年前，石灰岩升出海床表面，经长期的溶蚀形成喀斯特地貌。石灰岩上升是海岸阶地、河流阶地以及露头砂岩形成的主要原因。早在18万年前，这里就有人类的活动，在河岸、石灰岩棚以及岩洞处都发现了居住地。色乌山的每个丘陵几乎都有石阶环绕，见证了当地世代传承下来的耕作相对贫瘠土地的知识。
2012年加入世界地质公园，地质公园以印度尼西亚巴厘岛东北部的一个活火山为中心，处于22000前形成的两个巨大破火山口之间，是太平洋火山带长活火山链的一部分。该地区拥有非常丰富的宏或微火山地貌，是在过去几千中由火山作用形成的，其中，巴图尔火山是一个典型的由火山碎屑和熔岩流交替沉积形成的层型火山。地质历史时期，两次巨大的火山爆发产生了神奇的火山口墙，并形成了今天的深火山口湖。自1800年以来，巴图尔火山至少喷发了22次。巴厘岛上拥有着众多的自然和文化旅游景点，而巴图尔活火山却因其独特的地质内涵和壮丽的风景而独树一帜，文化方面，地质公园也向人们展示了特色的与巴厘人印度教相关的当地风俗。
