印尼默拉图斯联合国教科文组织世界地质公园保存着自侏罗纪（2.01亿至1.45亿年前）以来复杂板块构造演化的珍贵地质档案。园内出露有印尼最古老、最完整的蛇绿岩套——这类罕见的深海海底岩石，因板块碰撞于1.37亿至1.10亿年前被抬升至陆地，使麦拉图斯成为研究俯冲相关地质过程的关键区域。随后的构造运动将3600万至1600万年前沉积的海洋灰岩抬升，塑造了壮观的喀斯特地貌与庞大的洞穴系统。动态的地质演化史雕琢出从低地延伸至海拔1900米峰顶的多样景观：山脉、峡谷、河流、瀑布与湖泊错落分布。过去百万年间形成的冲积层富含钻石，支撑着当地传统的手工采矿活动。这种地质多样性孕育了丰富的生物多样性，包括月兰、甘蔗兰等兰科植物。曾濒危的长鼻猴（Bekantan）现已成为南加里曼丹省的吉祥物。地质公园推动的红树林修复工程对该物种的存续至关重要，助力其种群逐步恢复。
印尼克布门世界地质公园保存着地球地质历史的珍贵档案，完整呈现了爪哇岛最古老的岩层序列。其核心标志是位于卡朗桑邦的天然地质实验室——这里出露着大洋板块与大陆边缘的岩石组合，生动诠释了板块构造理论：远古海洋地壳如何被强力抬升出海平面。这些岩石记录了1.19亿至5500万年前，印度-澳大利亚板块向欧亚板块下方俯冲的过程，由此催生了变质岩并裸露出深海沉积物。随后在5500万至2500万年前，构造盆地中沉积了大量碎屑岩；2500万至1600万年前进入火山活跃期；此后火山活动暂歇，伴随海平面上升，形成了富含化石的石灰岩层；而1000万至200万年前新一轮火山喷发，则留下了火山灰与石灰岩交错的特殊地层序列。这一系列地质演化雕琢出动态多样的景观：从远古海洋生物化石、险峻的石灰岩喀斯特，到地下暗河系统与数十处经侵蚀和溶蚀作用形成的洞穴网络，共同构成了这座地质宝库的自然奇观。
拉贾安帕特（Raja Ampat）地质公园包括4个主要岛屿，其独特之处在于拥有印尼最古老的裸露岩石单元（距今4.438亿–3.589亿年前的志留纪—泥盆纪），岩石单元的年龄几乎是地球年龄的十分之一。最不寻常的地质特征当属在第四纪（258万-1.17万年前）因海平面上升而形成的热带群岛；由于喀斯特作用，这里水面上下均发育出许多溶洞。喀斯特地貌的主体是石灰岩，其质地柔软、多孔隙，可溶于水。随着雨水经年累月地渗入，这种岩石逐渐被侵蚀，继而形成这些溶洞。美丽的水下溶洞和非凡的海洋生物多样性，吸引着大量水肺潜水爱好者。在这里，他们可以观赏到几千年前生活在该地带的史前人类创作的岩石艺术。
占碑美兰音（Merangin Jambi）地质公园位于印度尼西亚苏门答腊岛中部，是独特的“占碑植物群”化石的发现地。这些化石是当今世界上唯一出露的该类植物化石，其名称系指在形成于早二叠纪（2.96亿年前）的岩层中发现的植物化石。所含植物包括苔藓、原始针叶树，以及依靠种子而非孢子进行繁殖的种子蕨类植物。公园地势东低西高，最高峰海拔2900米，位于3.3万前的大喷发形成的马苏莱火山群。该地带自史前时代就有人类居住，现还生活着多个土著群体，包括Orang Batin Lamo部落和Serampas部族。地质公园内有形成于中生代（2.52亿-6600万年前）的喀斯特地貌。喀斯特溶洞内留存有史前人类器物，已被纳入一个重要的考古研究项目。
该地质公园地处苏拉威西岛南臂，位于马罗斯（Maros）县和庞戈普（Pangkep）县境内。当地人口以布吉族和望加锡族土著人民为主。虽然该地质公园面积达5077平方公里，但其中一半以上（55.4%）隐于水下。公园与主岛隔海相望，园内共有39座岛屿。该群岛散落在珊瑚礁三角区，是一处珊瑚礁生态系统保护中心。地质公园以壮观的塔状喀斯特地貌和斯佩尔蒙德珊瑚礁群岛而闻名。其覆盖区域有着超过亿年的历史；那里留有古代生命形式的痕迹，现栖息着一些特有物种，例如，生活在华莱士线（将婆罗洲岛和苏拉威西岛分隔开来的一条深海沟，以阿尔弗雷德-拉塞尔-华莱士命名，他与同时代的查尔斯-达尔文提出了近似的进化理论）沿线的黑冠猕猴和苏拉威西袋猫。地质公园西侧的土地属于亚洲大陆构造板块，东侧则属于澳洲板块，这也是造成这些相邻岛屿上发现的物种如此多样的原因。
伊真（Ijen）地质公园位于东爪哇省外南梦（Banyuwangi）县和文多禾梭（Bondowoso）县境内。地质公园地处海峡和海洋之间，战略位置优越，因而成为人类迁徙和贸易的要冲。伊真火山是伊真破火山口系统中最活跃的火山之一。破火山口内部及其边缘发育有大约22座后破火山口火山锥。伊真湖是地球上酸性最强的火山口湖，也是同类湖中最大的一个。这里还会上演一种罕见的奇观：高浓度的硫磺从活跃火山口向上溢出，然后与富氧大气接触并发生燃烧；随着气体的燃烧，会喷发出一种独特的蓝色电焰，这种火焰仅在夜间可见。水体本身呈酸性，因为它通过渗透进火山地表之下来实现循环。
勿里洞地质公园是邦加岛勿里洞省的一部分，位于印度尼西亚首都雅加达以北约400公里处，北临卡里马塔海峡，东面和南面为爪哇海，西面为加斯帕尔海峡。该地质公园包括勿里洞岛和200多个小岛，海域总面积为1.3万平方公里，其中洋面约占三分之二。勿里洞以其壮观的突岩（Tor）花岗岩地貌闻名，这些地貌是由侵蚀和风化作用形成的大型独立岩石露头。它还拥有由陨石撞击形成的罕见的似曜岩，又称 “沙胆石”（Satam Stone）或 “勿里洞石”（Billitonite），以及独特的矿藏，如东南亚地区最富有的单一锡矿南萨鲁（Nam Salu）原生锡矿。该地质公园地处史上重要的海上贸易和迁徙路线之上，生活着28.8万人口，属于沙旺部落等多个文化。居民主要收入来源是农业、渔业和采矿业。
位于苏门答腊岛，这个大火山口是因74000年前超级火山爆发而形成的。火山口盆地里全是积水，是印度尼西亚最大的火山湖。它位于海平面以上904米处，由约240立方千米的淡水组成，深505米。地表海拔约2000米。该区域下面的岩层由变质沉积物组成，在石炭纪—二叠纪（300百万年）期间的南极地区生成，是冈瓦纳大陆的一部分，散布在火山口边缘陡峭的悬崖壁周围。在达到“超级火山”喷发后的平静过程中，岩浆房残余压力将托巴湖底推高，并在火山口中部形成了萨莫西尔岛。这是世界上最活跃，最容易复发的火山口。“火山口复苏”仍然是火山学中最难以理解的过程之一。
龙目岛位于巴厘岛和松巴哇之间，系Sunda Kecil群岛之一，近似圆形，拥有一条长达70公里的“尾巴”——半岛。该岛地质以第四纪钙碱性火山为主，其上覆盖着新近纪碎屑沉积岩、中新统火山岩和古近纪侵入火成岩。火山综合体是由于印度洋板块朝东南亚板块边缘下俯冲形成的。Lombok的Sasak人口是多民族和多文化的，其文化遗产的多样性反映在诸如寺庙和老清真寺等建筑物中。
西爪哇省的塞乐杜-皇后港世界地质公园以Ciletuh（塞乐杜）河和Palabuhanratu（皇后港）的名字命名，皇后港源于当地关于本地区守护者南洋女王的传说。地质公园中最古老的岩石是在欧亚板块和印度洋板块之间的俯冲过程形成的。目前，3个村落社区保留了祖辈的Kasepuhan传统，特别是在农业和水田耕作（称为tatanen）。
